L'altare dedicato a San Francesco Saverio fu consacrato il 31 agosto 1670 per volontà della vedova del conte Nicolò Petazzi, la contessa Dornberg; di essi sono posti i due stemmi sulla sommità della struttura. Nella sua imponenza fu realizzato da Antonio Peschiera proveniente da Venezia e da Antonio Salvador di Trieste. L'ancona accoglie una tela con la Gloria di San Francesco Saverio, d'ambito veneziano.
L'altare di Sant'Ignazio, databile al 1689, ripropone la sintassi barocca dell'opera al capo opposto del transetto. Si arricchisce però figurativamente al coronamento, dove un gruppo di angeli fa da corteo all'allegoria della fede, mentre al primo registro due angeli di modulo maggiore sono collocati tra le colonne binate che incorniciano l'ancona. Al centro il dipinto con la Visione di Sant'Ignazio di Loyola, d'ambito prossimo al Guercino.
L'altare della Madonna delle Grazie fu costruito nel 1853 su progetto di Giuseppe Sforzi, su commissione del barone Pasquale Revoltella in memoria della madre. La Madonna con Gesù Bambino fu scolpita da Pietro Bearzi e ben s'armonizza coll'impianto generale, teso a riprodurre gli stili storici, utilizzati meramente come fondamento grezzo su cui sviluppare la poetica devozionale ottocentesca, improntata allo spiritualismo raccolto.